Hydroterapia ma rozległy i na ogół korzystny wpływ na organizm człowieka. Odbierane przez kontaktoreceptory bodźce są przenoszone do ośrodkowego układu nerwowego, przez co działają na cały system.

Obserwuje się znaczną poprawę koordynacji nerwowo-mięśniowej, związanej z rozluźnieniem mięśni w wyniku działania czynnika odciążającego i pozornej utraty ciała. Odciążenie, jakie uzyskuje się przez zanurzenie ciała w wodzie, stwarza najlepsze warunki do reedukacji mięśni. Wysiłek konieczny do wykonania ruchu w wodzie zmniejsza się do 1/10 siły, jaka jest potrzebna do wykonania ruchów poza wodą, pozorna bowiem utrata ciężaru ciała po zanurzeniu go w wodzie wynosi ok. 9/10 jego wagi.

Mięśnie słabe, często występujące u dzieci niepełnosprawnych, przy pełnym skurczu z łatwością zatem uzyskają w wodzie efekt ruchowy. Poza tym, mięśnie słabe wykonując ruch w wodzie ćwiczą z oporem, co prowadzi do wzmocnienia ich siły. Ta łatwość osiągania ruchu w wodzie przy słabej sile mięśni, jest również dodatnim bodźcem dla dziecka, mobilizuje i pobudza do czynnej współpracy przy usprawnianiu. 

Odciążenie i rozluźnienie, które uzyskujemy w ciepłej wodzie, wpływa nie tylko na łatwość i płynność ruchu, ale również zmniejsza bolesność, jaka może mu towarzyszyć. Wykorzystuje się zatem te cechy ćwiczeń w wodzie do zwiększenia zakresu ruchów w stawach. Wszelkiego rodzaju ograniczenia ruchów w stawach najłatwiej poddają się treningowi prowadzonemu w środowisku wodnym, sprzyja temu również lepsza orientacja przestrzenna poszczególnych części ciała względem siebie.